El rescate desató controversia en los círculos económicos: la aerolínea poseía menos del 0,1% del mercado nacional, disponía de una flota de entre dos y cuatro aviones, y operaba principalmente rutas chárter.
Plus Ultra es el eje principal en torno al cual gira la imputación del ex presidente José Luis Rodríguez Zapatero. Este ex mandatario ha sido vinculado con la aerolínea por dos vías: primero, como presunto intermediario para obtener la ayuda de 53 millones concedida por el Ejecutivo de Pedro Sánchez mediante el Fondo para la Solvencia de Empresas Estratégicas, y segundo, por su relación con Análisis Relevante, empresa contratada por Plus Ultra para tareas de lobby, de la que Zapatero y sus hijas percibieron más de 600.000 euros por informes de asesoría estratégica.
El rescate de Plus Ultra, realizado en marzo de 2021 a través del fondo gestionado por la SEPI, provocó indignación en el ámbito económico, cuestionando que la aerolínea fuera realmente estratégica. En ese momento, tenía menos del 0,1% del mercado nacional, su flota oscilaba entre dos y cuatro aviones, y sus vuelos eran chárter. Además, enfrentaba una situación financiera precaria que ponía en duda su capacidad de reembolso. Desde el inicio de sus operaciones, nunca mostró beneficios y entre 2014 y 2019 acumuló pérdidas millonarias. A pesar de ello, y con la advertencia de los peritos técnicos que indicaban que la empresa llevaba un año en causa de disolución, la ayuda fue aprobada por el Consejo de Ministros, supuestamente, según el juez, por la intervención de Zapatero ante el Ejecutivo. Estas condiciones fortalecen la certeza de la oposición respecto a que el rescate fue, desde el principio, un acto de corrupción.
El documento confidencial que establece las condiciones del préstamo a Plus Ultra contemplaba la formación de una comisión de seguimiento compuesta por «directivos de primer nivel de la compañía beneficiaria y miembros de la SEPI». Esta comisión tenía la responsabilidad de «verificar el cumplimiento de las previsiones del plan de viabilidad» y debía reunirse con una frecuencia mensual.
La empresa ha cumplido con el pago de intereses del rescate (a una tasa del 2%), pero no ha podido devolver el capital principal: los 19 millones del préstamo ordinario no fueron abonados el 14 de marzo, fecha de vencimiento, y los especialistas prevén que tampoco podrá amortizar en 2028 los 34 millones pendientes del segundo préstamo participativo. Bajo estas circunstancias, la oposición cuestiona la eficacia de la SEPI en su función de supervisión.
El PP solicitó al Gobierno un listado de documentos e informes relacionados con el rescate, incluido el informe técnico negativo inicial, así como la conexión con Zapatero, pero el Ejecutivo negó su entrega, amparándose en un real decreto de hace seis años que declaró secretos los datos en poder del Consejo Gestor del Fondo de Solvencia.
Asimismo, el citado documento especifica que los fondos otorgados debían destinarse exclusivamente a cubrir necesidades de circulante, tales como nóminas, seguridad social, alquileres, impuestos y combustible… y manifiesta expresamente que no podrían usarse para otros fines ni transferirse a otras entidades.
No obstante, tanto Anticorrupción como la UDEF han detectado indicios de un «uso indebido» de los 53 millones y sospechan que esos recursos podrían haberse empleado para blanquear fondos de corrupción venezolana. El PP sostiene, además, que 12 millones se utilizaron para cubrir los intereses del rescate.
El acuerdo de apoyo público a Plus Ultra también establece como motivo para la «amortización anticipada obligatoria» el «cambio de control» de la empresa. En el caso de la aerolínea, ha habido numerosos cambios en sus socios: en 2025, por ejemplo, los representantes de Snip Aviation y Flyspain, que llegaron a ser sus principales accionistas, cesaron como consejeros, y el control pasó a Julio Martínez Sola.
El auto emitido por el juez de la Audiencia Nacional, José Luis Calama, señala en la actualidad a Zapatero como el núcleo de una red de tráfico de influencias destinada a asegurar el rescate de Plus Ultra como instrumento clave en el lavado de dinero.