Un informe al que ha accedido este periódico advertía que esta suma de dinero no pudo ser debidamente rastreada
El 29 de enero de este año, el Ministerio de Ciencia cerraba oficialmente la crisis del CNIO, tras varios meses plagados de controversias por acusaciones de mala gestión económica y acoso provenientes de la anterior dirección. En esa fecha, el Patronato del centro acordó de manera unánime la destitución de la entonces directora científica, María Blasco, y del gerente, Juan Arroyo. En los meses previos, ambos cruzaron acusaciones respecto a la delicada situación económica del centro e incluso se acusaron mutuamente de prácticas corruptas. La decisión del Patronato se justificó en que “el clima reinante en el centro no era compatible con la excelencia científica exigida”, recuerdan fuentes del Ministerio que encabeza Diana Morant.
De esta forma, Blasco retomó su labor en el laboratorio del CNIO del que provenía antes de asumir la dirección hace 13 años, mientras que Arroyo volvió a su cargo previo dentro de la administración del centro. Sin embargo, aunque el Ministerio anunciara el inicio aquel 29 de enero de “una nueva etapa”, según un comunicado proporcionado a este periódico, el centro enfrenta una crisis renovada: un antiguo alto cargo denuncia el desvío millonario de fondos y apunta directamente a Arroyo.
El Confidencial ha tenido acceso a un informe enviado al Ministerio de Ciencia en marzo de 2025, que alertaba de deficiencias en el control de varios procesos de contratación pública durante 2024. Este documento señalaba múltiples contratos cuyos respaldos documentales no pudieron acreditarse de forma completa y exhaustiva, ya que la supervisión que recibían era muy limitada. En concreto, el informe suma aproximadamente 6.300.000 euros sin un control riguroso en el ejercicio de 2024.
Según el informe, estos contratos se concentran en torno a un 80% en un grupo reducido de proveedores: Eiffage Energía con dos contratos por un total de 1,7 millones de euros, Gedosol Soluciones Globales con ocho contratos por 1,1 millones, uno con Vivotecnia Research valorado en un millón, dos con Grupo Alaos ITL por 710.000 euros y un contrato con Zeus iniciativas de proyectos por 330.000 euros. No obstante, el documento aclara que “en ningún caso se intenta responsabilizar a estos u otros proveedores, pues no se ha detectado incumplimiento formal o documental”.
A estas cantidades relacionadas con los procesos abiertos se debe añadir también la contratación menor, señala el informe, que alcanzó cerca de 3,8 millones de euros en 2024 (1,1 millones en labores del área técnica) y otro millón doscientos mil euros en contratos vinculados a esa misma área, que, “aunque cuentan con los procedimientos adecuados de preparación del expediente y adjudicación, padecen las mismas deficiencias de control que los contratos abiertos”.
Las dudas sobre la gestión económica en 2024 que expone el informe se suman a denuncias previas presentadas ante la Fiscalía el 27 de junio de este año. Como avanzó El Mundo, el exdirector de operaciones del CNIO —quien fue destituido en agosto— interpuso una denuncia que eleva el daño patrimonial a 25 millones de euros. Según fuentes vinculadas a la investigación consultadas por El Confidencial, la denuncia incluye irregularidades en pequeños contratos desde 2007, que se prolongaron en el tiempo y sumarían pérdidas patrimoniales millonarias.
El denunciante, que solicita anonimato conforme a la ley de protección del informante, señala directamente a Arroyo como responsable. Cercanos al propio Arroyo afirman que no tenían conocimiento del informe sobre los 6,3 millones sin control en 2024 y que, de haberlo tenido, habrían tomado medidas para una gestión adecuada de esos fondos. En relación con la denuncia general por 25 millones, consideran que las acusaciones resultan “absurdas”, y recuerdan que ya existió una denuncia previa que fue archivada por falta de pruebas. En 2020, Vox presentó una querella contra el entonces gerente del CNIO por presunto fraude en contratos entre 2017 y 2018 con Gedosol, causa que fue cerrada el pasado año.
Este periódico ha confirmado que el Ministerio de Morant recibió al menos tres notificaciones sobre estas cuestiones (una en marzo y dos en agosto). Ciencia, por su parte, no menciona estas últimas comunicaciones, pero asegura que no tiene constancia de que la Fiscalía de Madrid haya informado al CNIO sobre ninguna denuncia relacionada.
En cualquier caso, la entidad presidida por Morant manifiesta plena colaboración con la justicia y máxima disposición para erradicar cualquier irregularidad que pueda haberse producido. Además, indican que “el actual gerente del CNIO asumió el cargo el 1 de septiembre y entre sus instrucciones del Patronato está recabar toda la información necesaria para evaluar el estado actual del centro”, añadiendo que “las cuentas del CNIO se auditan anualmente por la Intervención General del Estado y actualmente el Tribunal de Cuentas realiza auditorías correspondientes a los ejercicios 2022, 2023 y 2024”.
¿Represalias por presentar la denuncia?
Aunque el denunciante parecía ser el candidato preferido para asumir la gerencia del centro una vez formalizada la nueva etapa del CNIO, según indican fuentes del centro a este periódico, fue destituido en agosto junto a otra compañera. La separación se efectuó mediante un expediente disciplinario, si bien el denunciantesostiene que se trató de una represalia tras presentar la denuncia el 27 de junio.
Desde el centro, se informa a este diario que meses antes de ese cese, el ex alto cargo comenzó a obstaculizar la ejecución de ciertos contratos esenciales para el funcionamiento del centro. Entre las acusaciones se incluyen el retraso en la normalización del sistema de extinción de incendios en la instalación radiactiva, supuestas negligencias en contratos vinculados al animalario y la falta de previsión para renovar servicios de psicología para el personal. No obstante, en las alegaciones presentadas ante el Comité de Empresa, los cesados refutan todas estas imputaciones.
Desde el Ministerio recuerdan que “la contratación y el despido del personal al servicio del CNIO corresponden exclusivamente a la gerencia del centro, conforme al artículo 20.g) de sus Estatutos”.
Esta situación ha motivado que Ciencia convoque un Patronato extraordinario del CNIO, previsto para el próximo 25 de noviembre, cuyo único punto en el orden del día será el análisis de la actualidad del centro.

